История Государственного архива Республики Крым началась в бурный период революционных потрясений и гражданской войны начала ХХ-го века. 22 мая 1919 г. Наркомат просвещения Крымской ССР утвердил представленный профессором Таврического университета Б.Д. Грековым проект устройства в Симферополе Таврического центрального архива. Официальное его открытие состоялось 13 июня 1919 г. К концу июня 1919 г. весь Крым заняли части Добровольческой армии генерала А. И. Деникина. Очередная смена власти поставила архив, лишенный финансирования, в критическое положение. Пытаясь его спасти, совет профессоров Таврического университета 27 июня 1919 г. принял постановление о признании архива одним из своих учебно-вспомогательных учреждений и об оказании ему всяческой поддержки. Новая губернская администрация отменила все законодательные акты прежнего большевистского правительства, и «архив прекратил свою деятельность до решения вопроса в общем законодательном порядке об учреждении центральных архивов в России».

После окончательного установления советской власти в Крыму, в конце ноября 1920 г., отдел народного образования поручил Б. Д. Грекову работу по восстановлению Крымского архивного управления (Крымцентрархива). В начальный период деятельность Крымцентрархива была в основном направлена на концентрацию документов ликвидированных дореволюционных учреждений.

В соответствии с постановлением ВЦИК и СНК РСФСР от 18 октября 1921 г. была образована Крымская Автономная Советская Социалистическая Республика в составе РСФСР. В ноябре того же года Крымцентрархив перешел в ведение Наркомата просвещения Крымской АССР. Постановлением от 18 марта 1922 г. президиум СНК Крымской АССР переподчинил его Наркомату внутренних дел Крымской АССР. В 1924 г. Крымцентрархив получил права самостоятельного учреждения, хотя и состоял под общим наблюдением Центрального административного управления Крыма. Постановлением от 10 февраля 1926 г. ЦИК Крымской АССР перевел Крымцентрархив в свое непосредственное подчинение. В соответствии с утвержденным 27 апреля 1926 г. ЦИК Крымской АССР «Положением о Крымском центральном архивном управлении» находившиеся в его хранилищах материалы были разделены на два архива – Исторический архив и архив Октябрьской революции. 5-7 мая 1926 г. состоялась первая Крымская конференция архивных работников, резолюция которой акцентировала их внимание на необходимости установления тесного взаимодействия с органами государственной власти, выявления и постановки на учет всех архивов действующих учреждений; укрепления районных архивов. В 1930 г. вышел первый номер «Бюллетеня Центрального архивного управления Крымской АССР». В 1920-х–1930-х гг. в деятельности архива превалировали четыре направления: выявление и сосредоточение документов в хранилищах; упорядочение и научная разработка архивных фондов, организация местных архивных учреждений в связи с изменениями в административно-территориальном делении республики; укрепление материальной базы. В соответствии с постановлением Президиума Верховного Совета РСФСР от 3 декабря 1938 г. Центральное архивное управление РСФСР со всеми архивными органами на местах было передано в ведение Наркомата внутренних дел РСФСР. К началу 1941 г. в Историческом архиве Крымской АССР насчитывалось 469 фондов, 348741 дело, а в архиве Октябрьской революции - 914 фондов, 214781 дело. Согласно постановлению СНК СССР от 29 марта 1941 г., утвердившему «Положение о Государственном архивном фонде СССР», республиканские архивы – Исторический и Октябрьской революции были объединены в Центральный государственный архив Крымской АССР.

С началом Великой Отечественной войны изменилась жизнь архивов. Во исполнение директивы НКВД СССР от 30 июня 1941 г. документы секретного отдела архива, текущего делопроизводства Верховного Совета и СНК Крымской АССР, а также архив Крымского обкома ВКП (б) были эвакуированы в г. Тюмень Омской области. Основная часть фондов архива осталась на оккупированной территории Крыма. В период нацистской оккупации (1941-1944 гг.) в Симферополе функционировали Центральный и Исторический архивы, подчинявшиеся отделу культуры Симферопольского городского управления.

24 апреля 1944 г. Центральный государственный архив Крымской АССР возобновили свою деятельность в освобожденном Симферополе. Война нанесла значительный ущерб архивному фонду Крыма. За годы оккупации были утрачены 21 фонд, 18978 единиц хранения досоветского периода и 807 фондов, 177418 единиц хранения советского периода. 16 мая 1945 г. в архив были возвращены из г. Тюмени эвакуированные документы. Возобновили работу городские и районные архивы. С преобразованием 30 июня 1945 г. Крымской АССР в Крымскую область архив был переименован в Государственный архив Крымской области.

Указом Верховного Совета СССР от 19 февраля 1954 г. Крымская область была передана в состав УССР, архив вошел в структуру ее архивных учреждений. В соответствии с постановлением ЦК Компартии Украины и Совета Министров УССР от 11 апреля 1960 г. архивные учреждения были выведены из системы МВД и подчинены Совету Министров УССР. В областях архивы перешли в ведение архивных отделов исполнительных комитетов областных Советов депутатов трудящихся. В 1950-1960 гг. приоритетным направлением становится научно-справочная работа, связанная с описанием дел, разработкой каталогов и картотек, составлением обзоров наиболее объем ных и ценных фондов, изданием первого путеводителя по архиву и сборников документов. В 1968 г. Государственный архив Крымской области переименован в Крымский областной государственный архив. В 1975 г. было введено в эксплуатацию новое, специально построенное типовое здание архива. Значительно больше внимания стало уделяться организации работы исследователей в читальном зале архива, популяризации документов через средства массовой информации и посредством выставок.

На основании постановления Верховного совета УССР от 26 июля 1988 г. были ликвидированы архивные отделы облисполкомов, а функции управления архивным делом на территории областей перешли непосредственно к государственным архивам.С восстановлением в феврале 1991 г. Крымской АССР архив был переименован в Центральный государственный архив при Совете Министров Крымской АССР. В соответствии с Указом Президиума Верховного Совета Украины от 27 августа 1991 г. «О передаче архивов Компартии Украины в подчинение Главного архивного управления при Кабинете Министров Украины» на государственное хранение в архив поступили 2778 фондов, 270 186 единиц хранения архива Крымского рескома Компартии Украины.

В течение последовавшего за тем десятилетия несколько раз изменялось название архива: с 26 марта 1992 г. – Центральный государственный архив Республики Крым, с 6 января 1995 г. – Государственный архив при Правительстве Крыма, с 9 апреля 1996 г. – Государственный архив при Правительстве Автономной Республики Крым, с 13 октября 1997 г. – Государственный архив при Совете министров Автономной Республики Крым, с декабря 2002 г. – Государственный архив в Автономной Республике Крым. В последние годы существенным пополнением архива стали переданные из Главного управления Службы безопасности Украины в Крыму 45473 фильтрационных дела на бывших «остарбайтеров» - граждан, угнанных в 1942-1944 гг. из Крыма на работы в Германию, а также 11 522 дела граждан, репрессированных в 1920-1950 гг. и реабилитированных в установленном порядке.

В марте 2014 г. Республика Крым стала субъектом Российской Федерации, после чего начался процесс интеграции Госархива в ее архивную отрасль. 16 июня вышел указ Главы Республики Крым «О структуре исполнительных органов государственной власти Республики Крым», согласно которому была создана Государственная архивная служба Республики Крым. 30 июля Государственный Совет Республики Крым принял закон «Об архивном деле в Республике Крым». Распоряжением Совета министров Республики Крым от 21 октября 2014 г. был ликвидирован Государственный архив в Автономной Республике Крым и созданы два государственных казенных учреждения Республики Крым: «Государственный архив Республики Крым» и «Государственный архив Республики Крым по личному составу».